É o primeiro passo de um ninja. Todos os shinobis começam na academia, com a finalidade de terem a base de o que é realmente ser um ninja ainda não podem fazer missões, na maior parte são crianças. Eles são os mais fracos, mas pode haver algumas exceções como Momochi Zabuza e Sabaku no Gaara shinobis que desde cedo já tinham uma perícia notável e Haku e Kimimaro que nunca freqüentaram uma academia ninja devido a seus problemas sofridos na infância, por possuírem linhagens sangüíneas avançadas. Geralmente os Estudantes usam técnicas como transformação, clonagem, além de treinos com armas. Existem testes que envolvem transformação. O ninja que mais fez clones para graduação na academia, depois de ter fracassado uma vez, Naruto rouba um pergaminho com ensinamentos de vários ninjutsus e aprende a fazer o clone de sombra uma técnica considerada de alto nível.

Shinobi já graduado na academia ninja. A maioria dos genins utiliza técnicas básicas, grande parte delas aprendidas na academia, mas é valido lembrar que alguns Genins desenvolvem técnicas próprias, ou caso tenham, técnicas de sua linhagem sangüínea avançada.

Normalmente são formados grupos de três Genins para serem treinados por um Jounin. Eles recebem missões muito fáceis e "chatas", como andar com os cachorros de um homem rico ou procurar um gato, resgatar um animal que fugiu ou ajudar pessoas a colher e plantar, ou até mesmo escoltar uma pessoa. Essas missões são de rank D ou C.

Depois de participar do Exame Chuunin, o Genin é julgado por sua força e inteligência pelos Kages, senhores feudais e dentre os juízes. Eles agora são qualificados para liderar um grupo de Genins durante missões extracurriculares. Eles podem ser mandados em missões sozinhos ou em grupo. Eles normalmente viajam em grupos de quatro nas missões, podendo ser de rank C ou B.

Chuunins que possuem uma inteligência e uma força extraordinária são promovidos para Jounins. Este é um nível ninja muito alto, todos os Jounins são enviados para missões mais difíceis do que as dos Chuunins, normalmente envolvendo assassinatos e infiltrações, como as missões de rank A e S. Alguns Jounins possuem uma força incalculável e algumas habilidades completamente desconhecidas, Jounins são maduros o suficiente para treinar grupos de três Genins e acompanhá-los em missões.